Von 26. bzw. 30. April 1945 an wird Oberösterreich vorrangig von der US-Armee eingenommen (zum kleineren Teil kommen die Sowjets zuerst). Am 7. Mai wird in St. Martin im Innkreis die Teilkapitulation der deutschen Heeresgruppe Süd unterschrieben. Ein Gesamtbild der Ereignisse dieser Zeit in kurze Worte zu fassen ist schwierig, auch wenn man sich auf die kirchliche Wahrnehmung beschränkt. Mancherorts beteiligen sich die Pfarrer in den Orten daran, weiße Fahnen zu hissen oder NS-Funktionäre von sinnlosen „Verteidigungsmaßnahmen“ abzuhalten (z.B. in Neumarkt/Mühlkreis). Dass weiße Fahnen gefährlich sind, zeigt sich in Weitersfelden oder Oepping, wo die Fahne am Kirchturm unter Druck von SS-Leuten sogar mehrmals wieder eingeholt werden muss.
Auch das direkte Erleben der einrückenden Truppen durch kirchliche Vertreter ist unterschiedlich: In Baumgartenberg versammeln sich GIs in der Kirche zur Andacht, in Reichenau grüßen sie den Pfarrer mit abgenommenen Helmen. In anderen Orten werden aber die Pfarrhöfe belegt und vorhandenen Alkoholika wie Most oder Messwein zugesprochen.
Auf Ebene der Diözese bleibt für die Reflexion der eigenen Rolle in der NS-Herrschaft keine Zeit und wohl auch wenig Wille. Zu drängend sind die Herausforderungen. Weihbischof Joseph C. Fließer hat zwar alle Befugnisse eine Diözesanbischofs, hat das Amt aber aufgrund des Streits zwischen dem Dritten Reich und dem Heiligen Stuhl nie offiziell übertragen bekommen. Das folgt erst 1946. Da der Mariendom, wie viele andere Gebäude, schwer beschädigt ist, ist die Ursulinenkirche Kathedrale. Viele von den Nazis entzogene kirchliche Gebäude werden erst nach und nach wieder zurückgegeben, das betrifft stark auch Stifte und Klöster. Die von Linz aus verwalteten Pfarren Südböhmens (Generalvikariat Hohenfurth) müssen zurückgegeben, für das bald von den Sowjets übernommene Mühlviertel eine bischöfliche Delegatur eingerichtet werden.
Doch über all diesen strukturellen Fragen stehen die Nöte der Menschen. Seelsorge und Caritas sind die entscheidenden Handlungsfelder: Zu Kriegsende befinden sich durch Vertriebene, „Fremdarbeiter“, einstige KZ-Häftlinge oder Kriegsgefangene fast doppelt so viele Menschen wie sonst in Oberösterreich. Die Ernährungslage ist prekär, von der Unterbringung ganz zu schweigen. Die Caritas wird mit großen Anstrengungen hochgefahren, die Spenden kommen unter anderem aus der Schweiz, von den US-Katholiken oder aus vatikanischen Quellen.
Zur Not der Zeit gehören massenweise Vergewaltigungen. Das Bischöfliche Ordinariat erlässt im Juni 1945 eine eigene Weisung zu dem Thema. Ob Bischof Fließers „Trost“, dass die Frauen als Unschuldige an der Abtragung der allgemeinen Schuld teilnehmen und dafür einmal besonders belohnt werden, helfen kann, steht auf einem anderen Blatt.
Obwohl die Gruppe der Priester der Diözese Linz von den Nazis verhältnismäßig stark verfolgt wurde und eingezogene Priester und Seminaristen, so sie den Krieg überlebt haben, erst nach und nach heimkehren, wird auf umfassende Seelsorge und gottesdienstliche Versorgung gesetzt – und sei es in Barackenkirchen.
Anfang Mai 1945 ist aber keine „Stunde Null“. Das hat nicht nur damit zu tun, dass viele Personen schon länger tätig sind, sondern auch damit, dass man Schlüsse aus der Vergangenheit (auch aus der Dollfuß-Schuschnigg-Diktatur) zieht. Bischof Fließer lehnt bald jede Parteipolitik der Kirche klar ab. Das übergroße katholische Vereinswesen der Vorkriegszeit, das die Nazis zerschlagen haben, wird nicht wiederbelebt, sondern auf die Katholische Aktion gesetzt. Gleichzeitig bleibt das schon 1939 entstandene Seelsorgeamt (Pastoralamt) eine entscheidende Einrichtung für die Zukunft.
Bei allen Leistungen, die nach 1945 erbracht werden, gibt es auch Defizite. Dazu gehört die teilweise fehlende Würdigung von Priestern, die im KZ waren. Bischof Fließers Hirtenbrief vom Mai 1945 zeigt noch eine erschreckende Wortwahl, wenn er schreibt, dass vergewaltigte „deutsche Mütter rassen- und volksfremdes, dazu oft noch verseuchtes Erbgut ihren Kindern weitergeben“ müssten. Sehr schnell nehmen kirchliche Würdenträger eine versöhnende Haltung gegenüber auch schwer belasteten Nazis ein.
Bischof Fließer wird später seine pragmatische Haltung gegenüber den NS-Machthabern vorgeworfen. Auf der anderen Seite steht die Verantwortung für seine Diözese und die Leitung des kirchlichen Wiederaufbaus nach 1945.
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